Chức năng nhiệm vụ của Phòng Khoa học Công nghệ là Tham mưu, đề xuất các giải pháp, biện pháp giúp hiệu trưởng chỉ đạo, kiểm soát và triển khai thực hiện các lĩnh vực công tác sau đây:

1. Kế hoạch chiến lược về phát triển khoa học công nghệ.
2. Công tác định hướng và kết nối các chương trình KHCN.
3. Quản lý hành chính các chương trình, dự án và đề tài NCKH, chuyển giao công nghệ.
4. Quản lý và hỗ trợ pháp lý cho hoạt động của các Viện và Trung tâm KHCN.
5. Tổ chức các hội thảo KHCN cấp Trường; theo dõi và quản lý việc tổ chức hội thảo khoa học của các đơn vị.
6. Tổ chức và quản lý công tác sáng kiến cải tiến.
7. Quản lý, biên tập, xuất bản và phát hành Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản.
8. Đề xuất quy định về định mức giờ NCKH và mức chi phí thù lao cho các hoạt động NCKH, SKCT. Xác nhận khối lượng NCKH và SKCT để thanh toán.
9. Quản lý CBVC của đơn vị và tài sản thiết bị được giao.